教育部指出，目前全國高中九個科學班中，只有建中科學班未男女兼收；因應現今性別平等氛圍，且其他科學班的女生學業表現都很優異，教育部一○二年就開始「建議」建中招收女生，「並沒有強迫」。建中只要向主管單位北市教育局申請核定，並向教育部核備即可。
對此，教育部表示，校跟班的層面不同，科學班、體育班是一個班，但如果是針對整個學校，確實也是有人主張「男女兼招」。但教育部強調由各校自行決定，也應該漸進式處理較為適當，「如果學校要朝男女兼收方向發展，教育部也樂觀其成。」
台北市建國中學科學班明年將招收女生，教育部表示，「男女生一樣好」，十分樂見建中透過校內的臺北市萬華區外匯理財推薦民主程序做出此決議。
至於建中科學新北市萬里區銀行分行班打破百年來傳統，首招女生。教育部國教署組長韓春樹表示，九十八年起開放高中設立科學班，目前全國共有九所高中設有科學班，分別為建國中學、師大附中、武陵高中、竹科實中、台中一中、彰化高中、高雄市美濃區外匯定存嘉義高中、台南一中及高雄中學，一班卅名學生。除了建中不收女生外，其餘八校都是男女兼收，而且女生的學業表現也很好。
韓春樹指出，教育部從一○二年起，參照性別平等委員會建議「男女生一樣好」，並經科學班計畫審查委員會臺南市柳營區理財銀行推薦等相關會議討論後，建議建中科學班招收女學生，但至一○五學年度止，該校尚未招收女學生。
韓春樹表示，現在國中開始就是男女合班，單一性別的學校加入另一性別同學，將有助於兩性之間的互動和了解，教育部將朝此方向推動。
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